Plánovanou hromadnou výsadbu stromů na oslavu 50. výročí Československa překazily události 21. srpna 1968. Řada Stromů svobody, která byla k oslavám půlstoletí republiky objednána, musela být pod vlivem nastupující normalizace zničena. Některé výsadby proběhly v utajení na soukromých zahradách. Tam, kde se nakonec okolo 28. října 1968 sázení uskutečnilo, za to organizátoři často zaplatili vyhazovem z práce nebo jinou formou perzekuce.

Jedná se přitom o paradox, původně totiž výsadby iniciovalo samotné předsednictvo vlády a Ústřední výbor Národní fronty. Výzvu k výročním výsadbám odvysílal i Československý rozhlas. Nikdo nečekal, že z plánů na oslavu navracející se svobody se nakonec vyklubou akce občanského vzdoru proti okupaci.

Místem za svůj otevřený akt proti režimu často zaplatili ředitelé škol, kteří za protestními výsadbami stáli. Ředitel školy ve Žďáru nad Sázavou Bohuslav Brabec zasadil v září 1968 spolu se studenty před budovou školy Lípu svobody. Spolu se svým kolegou, který odsoudil okupaci ve školní kronice, byli v roce 1970 zbaveni místa. Stejný osud stihnul dvojici ředitelů v Brně a řadu dalších odvážných pedagogů.

Na řadu Stromů svobody z roku 1968 se pak zapomnělo, ať již prostým během dějin nebo díky snaze komunistických orgánů. Mnoho pamětních tabulek a kamenů muselo být odstraněno. Skauti, kteří stáli za výsadbou ve Frýdku-Místku, dokonce bronzovou tabulku jejich stromu po dobu normalizace ukrývali. Na místo se vrátila až po roce 1989,

Někde byl okupační režim v tažení proti manifestacím svobody ještě důslednější. Například v Krnově místní Lípu svobody tamní komunisté v noci tajně poškozovali natolik, že nakonec uhynula. Strom republiky byl vysazen několikrát znovu, ale jeho ničení se stále opakovalo, až uschnul i ten poslední. Památník, který zůstal na místě, zanedlouho skryla ohrada z vlnitého plechu. Při porevoluční stavbě přístavby sousední školy ovšem místní při odstranění ohrady zjistili, že z kořene starého stromu samovolně vyrašil nový kmen.
 
Několik málo výsadeb Stromů svobody na oslavu půlstoletí existence společného státu se podařilo uskutečnit i na Slovensku. Pod kořeny Lípy svobody a bratrství Čechů a Slováků v Trenčíně byl položen dokonce tubus s pamětní listinou a dokumenty zachycující okupaci. Ze Slovenska pochází i největší výsadba roku 1968: ovocný a okrasný Sad svobody v Kalné pod Hronom, který čítá na čtyři sta stromů. Rok 1968 byl pro Slováky výjimečný i díky zákonu o federalizaci Československa. Ten připomínají například tři Lípy federace, které byly vysazeny 30. října 1968 přímo na nádvoří bratislavského hradu.

Na úspěchy loňské kampaně Stromy svobody letos Nadace Partnerství navazuje dlouholetou ambiciózní iniciativou Sázíme budoucnost, která chce do pěti let dostat do české krajiny a měst 10 milionů stromů. Inciativa startuje v září tohoto roku.